يوفر قسم أمراض الجهاز الهضمي تقديم الخدمات العلاجية في العديد من الأمراض مثل العلاج الطارئ لإيقاف نزيف الجهاز الهضمي، علاج التصلب، علاج نزيف الدوالي، منظار المعدة، منظار القولون، علاج الحصوات المرارية والتضييق في المسالك الصفراوية، استخراج حصوات القناة الصفراوية، إزالة الزوائد اللحمية المعوية التي تتم تسميتها بالبوليبات في الطب، علاج القرحة، علاج الارتجاع المعدي المريئي، مرض كرون، علاج مرض التهاب القولون التقرحي، تطبيقات الدعامات في كل من القنوات الصفراوية والمريء، التصوير بالموجات فوق الصوتية التنظيرية، التنظير بالكبسولة وعلاج التهابات الكبد من النوعين ب، ج.
بالإضافة إلى ذلك يوفر القسم تطبيق اختبارات تصوير البنكرياس بالتنظير الباطني بالطريق الراجع ERCP (تدخّل بالمناظير يُستخدم في تشخيص وعلاج الأمراض الإنسدادية في قنوات الصفراوية والبنكرياس) واختبارات تصوير البنكرياس بالرنين المغنطيسي MRCP (تصوير مرئي لقنوات الصفراوية، الحويصلة الصفراء وقنوات البنكرياس بإستخدام جهاز الرنين المغنطيسي).